Xu Y., Xu D., Liang J. — Computational Methods for Protein Structure Prediction & Modeling. Volume 1 :: Электронная библиотека попечительского совета мехмата МГУ

Главная Ex Libris Книги Журналы Статьи Серии Каталог Wanted Загрузка ХудЛит Справка Поиск по индексам Поиск Форум

Авторизация

Поиск по указателям

Xu Y., Xu D., Liang J. — Computational Methods for Protein Structure Prediction & Modeling. Volume 1

Обсудите книгу на научном форуме

Нашли опечатку?
Выделите ее мышкой и нажмите Ctrl+Enter

Название: Computational Methods for Protein Structure Prediction & Modeling. Volume 1

Авторы: Xu Y., Xu D., Liang J.

Язык:

Рубрика: Математика/

Статус предметного указателя: Готов указатель с номерами страниц

ed2k: ed2k stats

Год издания: 2007

Количество страниц: 406

Добавлена в каталог: 18.11.2012

Операции: Положить на полку | Скопировать ссылку для форума | Скопировать ID

Предметный указатель

Physical-chemical energy      341
Physical/non-physical contacts      299
Physics-based effective potential function      72
Pockets      190 191 194 195
Poisson — Boltzmann      50 332
Polyalanine      302 303
Polyglutamine      282 289 290 295
PONDR      226 238
Position specific score matrix      325
Potential energy functions      45 48
Potential function      9 71 76 85 86 88 93 95 97—99
Power distance      185
PRALINE      229
Pro file-pro file alignment      6 8 9
Profile analysis      324 346
Profile-based      6 8
PROFsec      229 233 235—236
Protein classification      165 168 174
Protein complexes      3 15 25
Protein design      71 72 94 99 105 106
Protein family      4
Protein fold      7 11 105
Protein folding      9—10 50 59 71—72 84 94 99 101
Protein folding simulation      9
Protein force fields      54 58
Protein function      195 200
Protein interaction pathways      323
Protein structure alignment      147 174
Protein surface evolution      197
Protein threading      7 102 148 291 293—294
Protein-protein docking      13 15 26 72 103 200
Protofilament      280 283—286 292 294 296—298 302 305
Pseudo-atomic model      359
PSI (Protein Structure Index)      161 162 165
PSI-BLAST      8 168—171 212
PSIPred      212 233
PSSM (Position Specific Scoring Matrix)      7—8 212 233—235 325
PUU      23 139 141—142
QM      45 48 51—56
Quantum mechanical      45 71
Quasi-chemical approximation      80
Radar      227 240—241
Re-entrant surface      184 187
Reduced models      10
Reference flame      155 156 158 257
Reference state      72 75—76 80
Refolding      1 281—282
Remote homolog      212 319
Remote homology recognition      6
rep      241
Repeats detection      226—227 232 241 243
Replica-exchange      49
REPRO      227 240
Resolution dependency      363
RESP      53—55 58
Reverse Boltzmann Principle      7
Rigid-body assembly      321
Root mean squar e deviation (RMSD)      257
Root mean square distance      150 175 195 197 327 343
Rosetta      9 11 12 15 29 103 107 336
Rule-based filtering      269
Salt bridges      221 266 326
SAM      8 168 234 235 325
Scanning pro line mutagenesis      284
scop      22 23 126 137 139 158 164 166—169
Scoring matrix      8 151 153 197 212 335 337
SCR (structurally conserved region)      5
Secondary structure prediction      18 19 207 220 222 224
Segment assembling      11
Segment clustering      366
Segment matching      327—329
Self-organizing map algorithm (SOM)      267
Semi-empirical effective potential function      72
Sensitivity      6 8—9 19—20 24 176 198 211 237 243
Sequence alignment      4 8 23
Sequence analysis      196
Sequence conservation      23—24 262 265 267 296
Sequence dependency of partition function      110
Sequence profile      6 8 12 262 265—268 325 346
Sequence similarity      6 166 197 221 227 229 294 320

Sequence-stnictuie alignment      8 24 29 295
Sheetminer      360 365
Sheettracer      359 366 373 383
Side-chain prediction      13 333—334
Side-chains      73 230
Simplices      90 186—189 191 195
Simplicial complex      186—187 189
Sink      137 190—191
Size, domain      24 133 134 138
Size, interface      103
Skeleton of Secondar y Structure      373
Solid state NMR      284 286 291 293 295 304
Solvent accessibility      7 50 74 90 239 266 286 325 334
Solvent accessible surface (SA)      73 183—184 188 195 200 332 342
Solvent ball      183—184 191
Space filling model      182
Spatial restraints      5 13 329
SPC      49—50 52 55
SPC/E      49—50
Specificity      13—14 19 198 224 322 362—363 367 369—370 372
Sphere intersection graph (SIG)      261—262
SSAP      152—153 167
SSPro      229 233—234 236
Star' alignment      159
Statistical energy      92 111
Statistical potential      7 23 71 74 76 85 88 90 94 105—109 113 115
Statistical potential function      74 76 85 107—108 113
Structural differences      13—14 284 303
Structural genomics      9 16—17 29—30 125—126 200 319 321—323
Structural motif      147 149 157—158 175 221 272
Structure alignment      8 24 29 147 149—150 152 157 159—161 167 174
Structure determination      30 359 384
Structure prediction software      232
Structure refinement      110 114 373
Structure template      7 24
Structure-sequence conservation      23 262 265 296
Substrate specificities      323
SUPERFAMILY      164 166 168—173 239
Support vector machines (SVMs)      20 210 217 222—223 235
Supramolecular complex      27
SVR (structurally conserved region)      4 5
SWISS — MODEL      5 344—345
SymSSP      236
template      3—9 12—13 22 24 27—28 196 198 230 255—256 268 272 294—295 320—340 343—346
Template consensus sequences      324
Tertiary structure prediction      9 207 230
TESS      158
Thermodynamic analysis      290
Thermodynamic control of folding      280
Thermodynamic hypothesis      71 94 115
threading      6—9 12 22 24 27—29 102 106 148 222 224 256 291 293—296 384
Tinker      60
Topological structure      186 190 200 201
topology      18 21 167 186 201 210 231 260 359—360 373—375 377—383
Topology model      18 20 21
TOPS diagram      260
Torsion angle      5 46 47 333—334 337 341
TRILOGY      158
Triplet      110 162—163
Trust      227 243
Unfolding-induced aggregation      280 281
Union of balls      182—183 188 202
United atom      54 58 182 301 302
United atom force field      58
Up-down bundle      377
Urey — Bradley      46—47 51—52
Van der Waals radii      133 182 342
Variable regions      4 209 321 322 326 327 330 336 344
VAST      23 156 161 164—165 169—171
Vibrational spectra      48 52 55
Voids      87 190—191 193—197
Volume exclusion      109
Voronoi cell      133 184—187
Voronoi diagram      88 184 186 191 193—194
Voronoi edge      89 186—187
Voronoi plane      186 188
WD-repeats      273
X-ray crystallography      17 181 319 323 359
X-ray diffraction      20 22 181—182 279 284 292 365
X-ray fiber diffraction      289
YASPIN      216 234

1 2

О проекте