Незадолго до своей смерти Л. С. Берг принялся за переработку опубликованной в 1940 г. «Системы рыб» с тем, чтобы подготовить второе издание. Длительная болезнь, надолго оторвавшая его от работы, и преждевременная смерть не дали ему возможности закончить этот труд. Тем не менее половина этой книги им заново переработана с учетом всей известной и доступной ему литературы. Эта часть книги заключает наиболее сложные, в основном ископаемые, группы рыбообразных и рыб, относящиеся к первым 11 и отчасти к последнему классу, до отряда Clupeiformes. Над остальной частью книги Л. С. Берг лишь начал работать, подбирая попутно с переработкой первой половины попадающиеся ему литературные источники, не предпринимая специальных розысков их, как в предыдущей части книги. Имеющиеся среди страниц второй половины книги ссылки на эти литературные источники Л. С. Берг использовать в тексте не успел. Тем не менее редактору представлялось важным использовать эти работы, приведя их в подстрочных ссылках в виде примечаний редакции. Во втором издании книги по сравнению с первым значительно увеличено количество иллюстраций.