Историческая и литературная критика по-разному оценила этот труд. Одни упрекали автора в том, что основным его источником была «История Руссов» Белорусского Архиепископа Георгия Кониского, тогда еще не изданная (напечатана в Москве в 1846г.). Другие обвиняли в том, что, методология автора не отвечала современному состоянию исторической науки - Маркевич рассматривал историю Малороссии, как самостоятельный и непрерывный процесс развития со времен Киевской Руси и до его времени.

Тем не менее, «История Малороссии» произвела большое впечатление на современников, в частности, на Т. Шевченко, посвятившего Н. Маркевичу стихотворение «Бандуристе, орле сизий».