В настоящее время хорошо известно, что нормальная бактериальная флора различных локусов макроорганизма препятствует инвазии в них патогенных микроорганизмов. Любая инвазия в здоровый эпителий практически всегда сопровождается изменением состава микрофлоры. Как воспалительные заболевания женских половых путей, так и болезни, передаваемые половым путем, сопровождаются подобными изменениями микробного пейзажа влагалища. Половые пути можно представить как совокупность микроучастков различного типа, каждый из которых представляет собой среду обитания или экологическую нишу, населенную несколькими видами микроорганизмов. Каждой экологической нише присуща своя, несколько отличная от других, популяция микроорганизмов. Хотя микроорганизмы хорошо адаптируются к изменяющимся условиям обитания, последние оказывают на них как количественное, так и качественное влияние.