|
|
 |
| Àâòîðèçàöèÿ |
|
|
|
| Ïîèñê ïî óêàçàòåëÿì |
|
|
|
|
|
|
|
 |
|
|
|
| Koonin E.V., Galperin M.Y. — Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics |
|
|
|
| Ïðåäìåòíûé óêàçàòåëü |
AAindex 103 130
AAT 114 125
Aeropyrim pernix 208—211 307
Aeropyrim pernix, annotation 208—211
Aeropyrim pernix, aro genes 223
Aeropyrim pernix, number of protein folds 364
Aeropyrim pernix, phosphofructokinase 303
Aeropyrim pernix, TCA cycle 315
Agrobacterium tumefaciens annotation 197
Agrobacterium tumefaciens annotation, orimithine cyclodeaminase 344
Algorithm, BLAST 134—136 146—147 156—158
Algorithm, FASTA 146 162
Algorithm, Needleman — Wunsch 10 141
Algorithm, Smith Waterman 11 119 141 144—146 162 223
Aminoacyl-tRNA symthetases 46 237—239 257 267—270
Aminoacyl-tRNA symthetases, asparaginyl 46
Aminoacyl-tRNA symthetases, glycyl 45 46
Aminoacyl-tRNA symthetases, glytaminyl 46 237—238
Aminoacyl-tRNA symthetases, lysyl 215 357
Aminoacyl-tRNA symthetases, tryptophanyl 238—239
Anabaena sp. 197 286—292
Ankyrin 65—67 71
Antibiotics 44 58 295 353—357
Apoptosis 281—294
Aquifex aeolicus 41 43 48 235 259 306 309 330 364
Arabidopsis thaliana 62 161 169 176 279 369—370
Arabidopsis thaliana, databases 88 93—94
Arabidopsis thaliana, gene prediction 122—124
Archaeoglobus fulgidus 63 276 303 306 311 324—330 337
Archaeoglobus fulgidus, gene expansion 24—25
ATP-grasp 68 78 171 318 320 324—326
ATPase, P-loop 8 9 64 148—149 205 213 267—270 285
ATPase, PP-loop 10 329 378
Bacillus subtilis 41 44 46 49 74 91 112 217 291 309—315 330 338 341 350 364
bind 100—101
BLAST 11 81—82 114 134—136 139 146—147 156—172
BLAST, parameters 160—164
BLAST, unfinished genomes 81—82
BLOCKS 55 68—69 73 86 129
Breast cancer protein 160 172
Breast cancer protein, BRENDA 102
Breast cancer protein, BRITE 99—100
Buchnera sp. 38 323 330 342
Caenorhabditis elegans 41 86 94—95 122—124 199 225 275
Caenorhabditis elegans, databases 94—95
Caspase 151 153 276 282—294
CATH 33 76—80 190 362 365
CD search 74 167—174
CDD 6 9 63 70—74
Chlamydia 37 40 82 214 241 251 276 303 309 323 334—339 357—358
ChloroP 184
Clustal 145 192
CMR 87—88
COG database 23 39 47—49 72 83—84 195 200 205—222
Coiled coil 168—169 184 196
DALI 32—33 76 190
DAS 183 186
Databases, archival 54 57 207
Databases, curated 53 55—61 69—74 77—86 101 210
Databases, domain 69—74
Databases, motif 64—69 73
Databases, sequence 51—57
databases, structure 75—80
Deinococcus radiodurans 48 56 58 241 310 351 364
DIP 100
Domain 6—9 28—34 41 64 69—77 86 140 148—164 167—176 185 198 206—207 216 219 287—296 367—374
Domain of life 230—234 246—248 369
Domain, "promiscuous" 64 219 329 374
Domain, databases 69—74
Domain, fusions 216—219
Domain, signaling 41 217 281 372
Drosophila melanogaster 88 95—97 100 120—124 137—138
Drosophila melanogaster, databases 95—96
DSC 186 188
Edgar Allan Poe 141—144
Encephalitozoon cuniculi 115
enzyme 55 102—103
EPD 101
ERGO 85 200—221 225
Errors in annotation 57—63 199—205
Escherichia coli, databases 89—90
FFAS 190—191
fold 33—34 75—77 189—192 268 272 363—375
Fold in complite genomes 366
Fold, classification 76—77
Fold, most common 369
Fold, recognition 189—192
Fold, Rossmann 34 257 266 291 366—369
Fold, TIM-barrel 33 77 366 369
FSSP 32—33 76 80
FUGUE 190 192
GenBank 11 51—56 75 81—82 98 104 162—163
GenBank, annotations 58—59 63 195 202—207
Gene, acquisition 42 239—240 247 274—279 285—294 371
Gene, duplication 35—37 40 44
Gene, loss 36—40 43 47 178 213—214 229—230 235—248 295 324 359 385
Gene, order 12 35 37 220—226 236 248—249 264
GeneBuilder 122
GeneFinder 123
GeneID 123
GENEMARK 122
GeneParser 123
Genes and Disease 96
GeneSplicer 124
GeneWise 125
Genie 122
GenScan 121—122
GenThreader 190—191
Glimmer 120 122
Gold 14 19
GOR 187
Grail 120—122
Haemophilus influenzae 13 37—40 46 81 87 217 220 309 319—323 339 356—357
Haemophilus influenzae, Halobactetium 222 252 301 303 305 337
Helicobacter pylori 40 41 63 215 217 303 306 311 316 328—329 341—342 356—357
Hidden Markov models 11 69—71 87—88 121—123 156—157 173 183—187 191—193
HMMgene 123
HMMTop 183
HNN 188
Holliday junction DNA resolvase 46 175
Homo sapiens, datobases 96—97
Homo sapiens, genes 160—161 166—171 238
| HomoloGene 97
Horizontal gene transfer 42—44 208 221 230—252 264—265 274—278 291—296 311 344 358 369 379 383 384
HSPL 124
Iduronate sulfatase 115—117
InBGU 190—191
InterPro 55 69—73
Jnet 185
Jped 184—186
Karlin — Altschul statistics 134—136 141 165 386
KEGG 84—85 91 102—103 196 207 224—225 300
KLOTHO 102
Lactococcus lactis 197 322 341
Lateral gene transfer see Horizontal gene transfer
Ligand 103
Listeria 197 335
LocusLink 81 96—97 101
LOOPP 192
Low complexity 71 136—139 160—161 167—174 204—206
Lysozyme 28 30—33 126
MACAW 151 154
Mastermind 137—138
Matrix see Substitution matrix
MBGS 85
Memsat 183
Mitoprot 184
MLRC 188
MMDB 31 54 76—77 104
Motif see Sequence motif
Multicoil 185—186
MUMmer 87
Mycobacterium 38 40—41 195 318 326 353
Mycoplasma 37—40 45—47 198—201 319 353
MZEF 123
NetGene 124
NNSplice 124
NNSSP 186—187
Non-orthologous gene displacement 43—48 213—214 238 258—260 299—356
OMIM 23 54 88 96 115 116 160 404
ORF finder 84 112—114
ORFGene 125
Orpheus 114
P-loop NTPases 267—270 285 363—368
Parcoil 185
PDB 30—32 75—78 153 159 190—191 199 363
PEDANT 86 88 114 200
Pfam 9 55 69—74 86 88 90 121 157 173 176 196 198
PHD 183—187 200—201
Phosphoglycerate mutase 46 48—49 59 62 78 214 305
Phosphomopyruvate decarboxylase 58—59 63
Phyletic patterns (profiles) 39 47—49 176 208 212—219 235—236 240—244 255—259 281 285 300—358 376—379
Phyletic patterns (profiles), complementare 48—49 214—215
Phyletic patterns (profiles), identical 217
Phyletic patterns (profiles), use in annotation 207—210 212—219
PipMaker 125
PIR 53—63 86 92 106 109 208
Polyketide symthase 45 62 112
Power law 370—374 385
PREDATOR 186—187
PredictProtein 186
Predotar 184
prints 69 73
Procrustes 125
ProDom 55 69 72—73
prof 186 188
PROSITE 55 64—73 86 87 90 148—150 200 355
Protease 79 151—155 162 276—277 282—284
Protein mutant database 103
PSA 187
Pseudogene 22 53 118 197
Pseudogene, PHI-BLAST 158 177 180
Pseudogene, PSI-BLAST 34 156—158 165—173
Pseudogene, PSIpred 186—187
Pseudogene, PSORT 182—184
Pseudogene, PSSP 186 188
Ribonuclease HII 46
Ribosomal, database project 98—99
Ribosomal, proteins 26—27 112—113 134 148 258 355
Ribosomal, RNA 18 38 98—99 230 246—252 257 355
Rickettsia 48 215 300 327 351 358 366
RMSD 76
RNA polymerase, RPFOLD 192
RNA World 299 254 266—272
RPS-BLAST 74 157—158
Saccharomyces cerevisiae see Yeast
SAM-T99 186—187 190—191
scop 9 11 33 77 80 86 190 192 361 365—366
SEG 137—139 160—161 201 see
Sepatation anxiety 62
Sequence, identity 30 34 76 126 142 148 158 162 196 402
Sequence, logo 67
Sequence, motif 11—12 28 55 64—69 72 77—78 148—156 172 175—179 201 205 275 285 301 341 362
SignalIP 182
Sinorhizobium meliloti 197
SMART 9 41 71—74 157 173 189 196 198 207
SOSUI 183—184
Splice site prediction 124
SpliceView 124
SSPro 186 188
Structure databases see CATH MMDB PDB SCOP
Substitution matrix, BLOSUM 68 129—132 143 154—156 162—163
Substitution matrix, PAM 129—131 154—155 163
SUPERFAMILY 190 192
Swiss-Prot 53—64 69—73 102
Synechocystic sp 40—41 71 91 279 351 366
TargetP 184
Thermoanaerobacter tengcongensis archael genes 236
Thymidylate synthase 59 215
TMAP 183—184
TMHMM 183—184 186
TMpred 183
TopPred 183 186
TRANSFAC 99
Treponema pallidum 99 217 242 251 299 306 307 309 319 356—357
UCLA/DOE Fold Server 191
VAST 32—33 76 190
Vibrio cholerae 134 148 358
WIT 85 196 200 207 210 221 225 300
Xylella fastidiose 304 309
Yeast 11 23 24 38—41 67 86 92—93 99—100 114 122—124 214
Yeast, databases 92—93 99—100
Yeast, genome 11 114
Yersinia pestis 62 89 197 209
Zpred 186 188
|
|
|
| Ðåêëàìà |
|
|
|
|
|
Î ïðîåêòå