Рассматривается задача поиска структурных конфликтов в графах потоков работ. Разработан быстрый алгоритм, основанный на поиске экземплярных подграфов. Приводится доказательство корректности работы алгоритма и оценка сложности. Дополнительно решается задача на графах, содержащих простые циклы. Алгоритм может быть успешно использован в существующих и новых программных системах управления и автоматизации бизнес процессов