Авторизация
Поиск по указателям
Гасфилд Д. — Строки, деревья и последовательности в алгоритмах: Информатика и вычислительная биология
Обсудите книгу на научном форуме Нашли опечатку?
Название: Строки, деревья и последовательности в алгоритмах: Информатика и вычислительная биологияАвтор: Гасфилд Д. Аннотация: Книга Д. Гасфилда написана на основе лекций, которые автор читает в Университете Дэвиса, Калифорния. В ней, по-видимому, впервые подробно излагается круг математических вопросов, связанных с применениями математики и информатики в задачах вычислительной молекулярной биологии В этом направлении за последнее десятилетие накопилось целое море фактов, в том числе замечательных новых постановок задач, теоретических исследований и данных Предлагаемая книга — их первое систематическое изложение.
Язык: Рубрика: Биология /Статус предметного указателя: Готов указатель с номерами страниц ed2k: ed2k stats Год издания: 2003Количество страниц: 654Добавлена в каталог: 01.07.2006Операции: Положить на полку |
Скопировать ссылку для форума | Скопировать ID
Предметный указатель
Agrep 99 101 115 467 Alu, последовательности 182 BLAST 342 456 459 460 510 BLOCKS 412 456 467 BLOSUM 456 467-469 BRCA1 470 BYP метод 333 EST 89 479 498 FASTA 342 456 457 GenBank 453 454 457 Ica, построение за константное время 239 k несовпадений задача 250 320 326 k различий задача неточного совпадения 320 323 324 326 k различий повторы тандемные 252 260 k-общая подстрока, задача 256 258 k-повтор наименьший 218 k-покрытие 219 P-против-всех, задача 346 PAM (единица измерения) 463 PAM, матрица 456 462 464 466 469 572 patneia (дерево) 351 PROSITE 93 98 116 412 456 466 470 q-грамма 217 SBH, теорема о непрерывности 530 Shift-And метод 99 101 103 115 335 467 SP(P) алгоритм 77 SP-выравнивание множественное 445 SP-выравнивание множественное, приближение с ограниченной ошибкой 421 SP-выравнивание, задача 418 STS 89 478 479 STS, карта 89 STS, порядок 487 STS, упорядочение 489 STS-картирование 482 489 Swiss-Prot 451 454 457 466 t-блок 369 UPGMA 437 XPARAL 382 YAC, карта 505 Автомат конечный 94 167 170 214 215 Автомат конечный для сравнения строк 52 Аддитивная матрица 577 Аддитивное дерево 551 563 574 576 Аддитивное дерево компактное 553 574 Аддитивное расстояние 540 Алгоритм k различий 330 Алгоритм SP(P) 77 Алгоритм Z 29 44 55 Алгоритм Z, использование значений sp для вычисления значений Z 55 Алгоритм Ахо — Корасика 46 78 81 86 92 96 153 156 170 213 216 334 Алгоритм Ахо — Корасика, алгоритм поиска 83 87 Алгоритм Ахо — Корасика, препроцессинг для функции неудач 84 Алгоритм Бойера — Мура 45 55 59 114 119 155 170 Алгоритм Бойера — Мура на основе Z 44 Алгоритм Бойера — Мура, доказательство Коула 64 Алгоритм Бойера — Мура, правило Галила 72 Алгоритм Вайнера 126 141 150 Алгоритм Евклида 521 Алгоритм жадного слияния 536 Алгоритм Зива — Лемпеля 221 Алгоритм Кнута — Морриса — Пратта 38 46 50 52 81 96 119 155 159 170 200 216 Алгоритм Кнута — Морриса — Пратта на основе Z 50 Алгоритм Кнута — Морриса — Пратта, временной анализ 49 Алгоритм Кнута — Морриса — Пратта, корректность 48 Алгоритм Кнута — Морриса — Пратта, препроцессинг 49 Алгоритм Кнута — Морриса — Пратта, функция неудач 51 Алгоритм Мак — Крейга 150 Алгоритм наибольшей возрастающей подпоследовательности 354 Алгоритм Ньютона поиска по лучу 383 Алгоритм редакционного расстояния блоковый 370 Алгоритм редакционного расстояния «четырех русских» 369 378 Алгоритм Укконена 126 128 141 150 151 211 Алгоритм Укконена, одна фаза, SPA 140 Алгоритм Укконена, отдельное продолжение 133 Алгоритм Фитча — Хартигана 578 Алгоритм Хиршберга 318 Алгоритмы построения дерева 540 Алфавитная независимость 32 155 Алфавитно-взвешенное редакционное расстояние 280 Альтернативная склейка 312 Альцгеймера болезнь 497 Анализ чувствительности 389 Апостолико — Джанкарло метод 60 95 Арифметика 99 База данных (банк последовательностей ДНК) 323 База данных (банк последовательностей ДНК) неизбыточная 323 База данных (банк последовательностей ДНК), поиск 163 449 469 497 Белковые домены 220 Белок 36 Белок геликаза 412 Белок, структура 307 Белок, структура вторичная 438 Бережливость 554 Бережливость максимальная, задача 567 Битовые операции 99 Блоковая функция 369 Блоковая функция ограниченная 369 Блоковый алгоритм редакционного расстояния 370 Бойера — Мура точное множественное сравнение 202 203 207 220 335 Вайнера алгоритм 126 141 150 ВАС-РАС, секвенирование 322 Вектор индикаторный 144 Вектор клонирующий 504 Вектор связей 144 Вектор смещения 373 Вершина, путевая метка 122 Вершинная глубина 135 Вершинная глубина текущая 136 141 149 Вес пропуска аффинный 299 Вес пропуска аффинный (и постоянный) 298 302 359 466 Вес пропуска вогнутый 298 359 402 Вес пропуска постоянный 298 Вес пропуска произвольный 298 299 301 Вес пропуска стартовый 298 Вес пропуска, выбор 298 Взбалтывание 438 Взвешенное выравнивание 343 351 Взвешенное редакционное расстояние 279 378 Вингрона — Аргос метод множественного выравнивания 442 Вирус саркомы Симиана 450 Возрастающая подпоследовательность 352 Возрастающая подпоследовательность наибольшая 355 Возрастающая подпоследовательность наибольшая, задача 352 Время полиномиальное, приближенные схемы 435 Все-против-всех, задача 343 347 Второй факт сравнения биологических последовательностей 406 Выбор консенсуса 512 Выбор праймера 224 331 Выборочный метод Гиббса 444 Выравнивание SP-множественное 445 Выравнивание SP-множественное, приближение с ограниченной ошибкой 421 Выравнивание взвешенное 343 351 Выравнивание глобальное 278 285 286 291 313 335 388 391 417 Выравнивание индуцированное 416 Выравнивание карт 199 499 500 Выравнивание консенсусное, приближение с ограниченной ошибкой 429 Выравнивание кооптимальное 304 389 Выравнивание локальное 286 291 298 319 342 402 591 Выравнивание локальное множественное 416 Выравнивание локальное, сцепление различных локальных выравниваний 395 Выравнивание множественное 165 358 403 409 416 426 430 436 447 467 511 Выравнивание множественное глобальное 405 436 Выравнивание множественное итеративное 436 438 439 Выравнивание множественное прогрессивное 440 Выравнивание множественное, метод Вингрона — Аргос 442 Выравнивание множественное, повторяющийся мотив, методы 440 Выравнивание множественное, приближение с ограниченной ошибкой 421 Выравнивание параметрическое 380 389 390 400 Выравнивание по сумме пар 421 Выравнивание поднятое 431 434 Выравнивание последовательностей 263 Выравнивание последовательности и структуры РНК 311 Выравнивание прогрессивное 572 Выравнивание профилей 410 412 Выравнивание с бесплатными концевыми пробелами 284 Выравнивание сетевое 584 Выравнивание склеенное 583 592 Выравнивание строк 271 Выравнивание субоптимальное 391 395 Выравнивание филогенетическое 426 430 434 541 569 572 Выравнивание филогенетическое, приближение с ограниченной ошибкой 431 Выравнивание, граф 284 Выравнивание, значение 281 Выравнивание, форма 285 293 Выравнивания, близкие к оптимальным 392 Выравнивания, близкие к оптимальным, перечисление 393 Выравнивания, близкие к оптимальным, подсчет 393 Галила метод 114 Галила правило в алгоритме Бойера — Мура 72 Гамильтонов путь 586 Геликазные белки 412 Ген 36 Ген, сборка 396 Генетическая карта 479 Генетический код 36 Геном, перестройка 595 Геномный импринтинг 181 Геномный проект 479 Гиббса метод выборочный 444 Гиперкуб 567 568 Глобальное выравнивание 278 285 286 291 313 335 388 391 417 Глобальное выравнивание множественное 405 436 Глубина вершинная 135 Глубина вершинная текущая 136 141 149 Глубина строковая 122 Гомеобокс 287 Горизонтальный перенос 552 Горнера правило 109 Гранины 471 Граф выравнивания 284 Граф редакционный 278 305 Граф слова ориентированный ациклический 167 Графы де Брейна 529 Дактилоскопические методы Карпа — Рабина 107 115 Дактилоскопия 99 109 491 Двумерного образца поиск, задача 115 116 Двуствольный дробовик 534 де Брейна графы 529 Дерево patricia 351 Дерево квартетное 577 Дерево ключей 79 80 122 153 155 160 201 213 215 221 334 461 560 Дерево компактное аддитивное 553 574 Дерево остовное максимальное 437 439 Дерево остовное минимальное 437 553 569 574 576 Дерево очистки, повторяющаяся подстрока 221 Дерево позиций 120 154 199 Дерево с аддитивными расстояниями 551 563 574 576 Дерево суффиксное 119 121 155 159 166 170 174 185 188 190 199 201 215 218 221 320 326 335 340 343 345 347 351 375 510 Дерево суффиксное неявное 127 Дерево суффиксное обобщенное 151 161 166 174 176 199 205 224 246 Дерево суффиксное, вопросы реализации 152 Дерево суффиксное, длина 346 Дерево суффиксное, сжатие дуговой метки 138 Дерево суффиксное, сокращение 169 Дерево ультраметрическое 542 563 365 366 Дерево ультраметрическое минимальное 543 Дерево филогенетическое 465 555 558 Дерево штейнерово 567 568 576 Дерево эволюционное 430 440 540 543 Дерево, алгоритмы построения 540 Дерево-тройник 577 Деревья, совместимость 560 561 Джокер 90 96 106 116 249 Динамическое программирование 250 272 Динамическое программирование впередсмотрящее (прямое) 361 378 Динамическое программирование гибридное 327 343 376 Динамическое программирование обратное 420 Динамическое программирование разреженное 357 358 360 398 Длина кода ДНК минимальная, повторяющаяся подстрока 212 Длина строки 346 Длина суффиксного дерева 346 ДНК (молекула) 36 ДНК (молекула) кольцевая 33 ДНК (молекула) комплементарная 296 ДНК (молекула) митохондриальная 161 ДНК (молекула) сателлитная, повторяющаяся подстрока 180 ДНК (молекула), базы последовательностей (банки ДНК) 323 ДНК (молекула), задача о загрязнении 164 ДНК (молекула), код минимальной длины, повторяющаяся подстрока 212 ДНК (молекула), секвенирование 225 ДНК (молекула), секвенирование дробовое 508 ДНК (молекула), факторы транскрипции 90 Домены белковые 220 Дробовая сборка последовательности 163 285 534 Дробовик двуствольный 534 Дробовое секвенирование ДНК 323 503 508 513 605 Дрожжи, искусственные хромосомы 484 504 Евклида алгоритм 521 Единицы последовательные, задача 483 Единицы РАМ 463 Единицы сплошные 574 Жадная раскладка клонов 494 Жадное назначение 535 Жадное покрытие 353 354 Жадное размещение проб 495 Жадное слияние, алгоритм 536 Загрязнение ДНК, задача 164 Задача P-против-всех 346 Задача P-против-всех пороговая 375 Задача SP-выравнивания 418 Задача все-против-всех 343 347 Задача выбора пробы, выбор праймера 331 Задача выполнимости 585 Задача древовидного выравнивания 430 Задача неточного совпадения с k различиями 320 323 324 326 Задача о k несовпадениях 320 326 Задача о k-общей подстроке 256 258 Задача о бродячем торговце 485 Задача о бродячем торговце, путь 487 Задача о загрязнении ДНК 164 250 Задача о заикающейся подпоследовательности 309 Задача о кратчайшей надстроке 175 514 Задача о максимальной бережливости 567 Задача о минимуме мутаций 571 577 Задача о надстроке 527 534 Задача о назначениях 526 Задача о наибольшей возрастающей подпоследовательности 352 Задача о наибольшей общей подпоследовательности 283 297 305 352 355 377 Задача о наибольшей общей подстроке 158 161 162 165 174 214 510 Задача о наибольшей общей подстроке множественная 164 256 258 Задача о наибольшем повторяющемся префиксе 158 Задача о подстроке 119 160 191 Задача о подстроке множественная 447 Задача о поиске двумерного образца 115 116 Задача о последовательных единицах 483 Задача о праймере с k различиями 331 Задача о редакционном расстоянии 270 Задача о редакционном расстоянии операционно-взвешенном 279 Задача о словаре 81 120 Задача о сравнении карт 198 Задача о суффиксно-префиксном совпадении 174 217 322 509 521 Задача поиска по лучу 382 Задача складывания тРНК 309 Задача склеенного выравнивания 583 Задача совпадения сетей 580 Задача сцепления 398 468 583 592 Заколка для волос 503 Звезда центральная 423 Зива — Лемлеля алгоритм 221 Импринтинг геномный 181
Реклама
|
|
О проекте