Рассмотрены три типа генетической рекомбинации: сайт-специфическая рекомбинация, транспозиции и незаконная рекомбинация. Каждый из перечисленных типов рекомбинации отличается от другого по механизмам рекомбинационных реакций и наборам катализирующих их ферментов. Их общее отличие от гомологичной рекомбинации проявляется при отсутствии гомологии между рекомбинирующими молекулами ДНК.