Le but de ce livre est de montrer la teneur philosophique unitaire de la pensée critique de Diderot par-delà le caractère éclaté et dispersé de son œuvre. Diderot philosophe est présenté comme un penseur critique et systématique, c'est-à-dire un philosophe dont la réflexion, d'une part, s'inscrit dans le cadre du courant de pensée moderne qui vise à dépasser les perspectives du "premier regard géomètre de la raison", celui de Descartes, de Malebranche et des post-cartésiens. D'autre part, elle atteint un "second regard critique", plus profond, jeté sur le monde de la nature et, surtout, sur lui-même (une philosophie de l'aperception: Spinoza, Wolff, les Moralistes anglais et Kant), qui se rattache intimement à un matérialisme biologique tout à fait original, issu de la confrontation de Diderot avec les naturalistes et les médecins de son temps: Buffon, La Mettrie, Maupertuis, Bordeu, l'École de Montpellier. C'est ce matérialisme élaboré dans l'usine encyclo-pédique qui met en cause la notion-clé d'"individualité naturelle" (jouée en couplet avec une "communauté du désir") - néologisme dont Le Neveu de Rameau et Le Rêve de d'Alembert développeront les tenants et les aboutissants philosophiques -, et qui témoigne de la nouveauté d'approche propre à cette philosophie, à l'intérieur de la pensée des Lumières européennes.
Avec Diderot, c'est donc une nouvelle figure historique de la philosophie elle-même - celle de la subjectivité individuelle complexe, uni-totalité de penser-sentir-agir - qui monte sur la scène de la modernité, comme étant la substance première, incontournable et insaisissable, de la pensée critique de nos jours.